Reservas Naturales: Existen cuatro zonas de reservas naturales que son la Cuchilla Bocamonte en las veredas Varela, Resguardo y los Andes; Cuchilla Terebinto en las veredas de Córdoba y Hato de Susa y el Bosque Pantanitos en las veredas de Sasa y Moyavita, además la Reserva Forestal de la vereda Tenería.
Fauna: Entre las especies más frecuentes en la zona rural de Chiquinquirá se encuentran: el águila, guache o tejon, perezoso, tinajo, armadillo, umba, torcasa, fara, tapira o gato de monte, yacaro o tucán, carpintero, garrapatero, carmas, chorola, pava de monte, comadreja y chinas de agua.
